瓮妈庙主祀瓮妈、配祀乞南公和土地公，有代表性的神像，瓮妈系东山岛上第三类民间信仰，系本地鬼神及灵物，是渔民家信奉的主要神灵。庙中收埋着无主女性尸骨，这些尸骨是渔民们在海上作业时捞到的无主尸骨，渔民供奉这些无主尸魂，以祈求航船平安、归来鱼儿满船舱。